La collégiale est édifiée au 16e siècle, dans un style hybride gothique-Renaissance, à l'emplacement d'une ancienne collégiale Notre-Dame dont elle hérite le nom et le statut jusqu'en 1790.
Les plans de la nouvelle collégiale sont tracés dès 1483, mais il faut attendre plus de dix ans avant d'amasser les fonds nécessaires à leur concrétisation. Le 17 décembre 1508, le Conseil de Ville et des habitants se réunissent dans la grande salle du Parlement, et décident la fondation d'une commission, de neuf personnes, pour diriger les travaux et collecter de nouveaux fonds en concédant des chapelles avec des privilèges connexes. L'édifice est consacrée en 1571, par Mgr Claude de La Baume, archevêque de Besançon.
À la Révolution, la collégiale sert brièvement d'entrepôt, avant d'être convertie en Temple de la Raison, en 1793, puis de l'Être suprême, en 1794, pour redevenir une église catholique romaine en 1802.
En 1991, la Sainte-Chapelle est rénovée, puis l'extérieur de la collégiale en 1995, et l'intérieur de 2006 à 2009, sous la direction de l'architecte Paul Bernoud.
Les parties supérieure et intermédiaire sont l'œuvre de l'atelier Gsell-Laurent et datent de 1870. La partie supérieure est consacrée à la vie de la Vierge et du Christ, et la partie intermédiaire est consacrée aux grandes figures de l'Ancien Testament et de l'histoire de la Chrétienté.
La partie inférieure est l'œuvre de Jacques Le Chevallier et date de 1957.
- la visitation
- Moïse, Aaron, Gédéon, Daniel, Ezéchiel, Isaïe
- la pentecôte
- l'adoration des bergers
- Abraham, Isaac, Jacob, Jesse, David, Salomon, Josias, Elxxx
- la crucifixion
- la présentation au temple
- St Simon Stock, Sr Dominique, ...
- l'assomption
Le miracle de Faverney : le feu qui ravage l'autel va épargner l'ostensoir
Atelier Gsell-Laurent, vitrail posé en 1875-1876.
Jésus et les apôtres.
Les trois archanges Michel, Gabriel et Raphaël. Atelier de Gsell-Laurent, fin du 19e siècle
la Vierge remet le Rosaire à saint Dominique en présence de sainte Catherine de Sienne, saint Pie V et sainte Rose de Lima. Atelier de Gsell-Laurent, fin du 19e siècle.
Les Âmes du purgatoire» Atelier du Carmel du Mans, vers 1864
La Sainte Famille et saint François de Sales
Ateliers Laurent-Charles Maréchal à Metz, 1857
Scènes relatives à la vie de Marie : La Rencontre à la Porte dorée, Présentation de Marie au Temple, l'Éducation de la Vierge
Vitrail des ateliers Gsell-Laurent, fin du 19e siècle.
Procession solennelle amenant la sainte hostie à Dole en décembre 1608. ateliers Gsell-Laurent
vitrail posé en 1875-1876.
Louis XIV et sa cour en adoration devant la sainte hostie dans l'église de Dole le 9 juin 1674
Atelier Louis Rossigneux, vitrail placé en 1867.
Pie IX définit le dogme de l'Immaculée-Conception» Vitrail de la chapelle de l'Immaculée Conception
Atelier parisien de Gsell, fin du XIXe siècle.
Les peuples se prosternent devant saint Joseph tenant l'Enfant (ateliers parisiens Gsell, 1888). Au centre : la mort de la Vierge
Les grandes figures franciscaines du 13e siècle : St François à gauche, St Bonaventure et Ste Claire au centre (devant St Louis et Ste Élisabeth de Hongrie), et à droite la stigmatisation de St François. Atelier Gsell, fin du XIXe siècle
Ste Colette, St Jean-Bosco, St Pie X, St François-de-Sales, St Martin, St-Etienne
Maitre verrier : Jacques le Chevalier
Rencontre à la Porte dorée, Naissance de la Vierge, éducation de la Vierge. Un Arbre de Jessé divisé en deux est intercalé (panneaux 2 et 5).
vitrail de Jean-Jacques Gruber (1933).
