Poperinge était autrefois une ville drapière, au cœur d’une région connue pour la culture du houblon.
La plus ancienne mention date de 1290 : à la demande de la ville, l'abbé de l'abbaye Saint-Bertin de Saint-Omars et l'évêque de Terwaan ont alors autorisé la construction de deux nouvelles églises
L'actuelle église est le résultat de plusieurs campagnes de construction.
Fin du 13e siècle - premier quart du 14e siècle : construction de la tour
d'intersection, du chœur et de la nef.
Au milieu du 14e siècle, construction de deux bras de transept
Début du 15e siècle : remplacement de l'ancien chœur
Vers 1500 et probablement en relation avec la forte augmentation du culte de Marie,
ajout de deux chœurs latéraux avec une voûte en bois
Seconde moitié du 16e siècle : les dommages résultant de l'imatalte iconoclaste se limitent principalement à
l'intérieur. Au cours du premier quart du 17e siècle, l'ancienne flèche est remplacée
par un dôme à huit côtés avec une lanterne.
L’intérieur conserve plusieurs éléments des 17ᵉ et 18ᵉ siècles : quatre petits autels baroques de 1670, des stalles de 1776, une chaire de 1736 et des fonts baptismaux en marbre datés de 1750 à 1800.
On y trouve aussi des tableaux consacrés notamment à la décapitation de saint Jean-Baptiste, le saint patron de l’église.
Un miracle s'est produit le 14 mars 1479 qui est à l'origine de la procession mariale annuelle qui a lieu chaque année le premier dimanche de juillet. Un enfant mort-né, enterré depuis trois jours, aurait repris vie après avoir été sorti de son tombeau. Placé devant l’image de la Vierge dans l’église Saint-Jean-Baptiste, il aurait repris vie assez longtemps pour être baptisé, puis serait mort de nouveau peu après.
Dans la théologie médiévale, le baptême était nécessaire au salut. La mort d’un enfant avant qu’il ait pu être baptisé était donc une source d’angoisse pour les parents. La notion de limbes, élaborée par des théologiens au 13ᵉ siècle, désignait une condition distincte de l’enfer et du paradis, mais elle ne supprimait pas cette inquiétude.