Plusieurs découvertes d'outils en pierre attestent d'une présence humaine sur le territoire d'Échouboulains dès le Paléolithique. Deux sites gallo-romains confirment la continuité de cette occupation.
Le village d'Échou semble trouver son origine au haut Moyen Âge comme l'indiquent les vestiges d'un cimetière mérovingien. Au cours du XIIe siècle, les religieux de Preuilly réussissent à écarter les anciens seigneurs laïcs, notamment la famille de Paroy, et religieux, comme le prieuré bénédictin Saint-Martin de Montereau. À Échou, l'abbé de Preuilly possède un château, disparu en 1759, distinct de celui de Boulains, érigé beaucoup plus tard, en 1867, par le comte René Boussard de la Chapelle. Devenus seigneurs de la totalité du village d'Échou et de la ferme de Boulains, mais affaiblis par la guerre de Cent Ans, les religieux de Preuilly créent à Boulains, à partir de 1494, une véritable ville neuve. Le village d'Échouboulains n'apparaît cependant comme tel qu'en 1678.

Le premier essor de la localité au cours de l'époque contemporaine est attribuable au comte René Boussard de La Chapelle. Sous ses mandats de maire, au cours des décennies 1870 et 1880, le village se dote de la plupart de ses monuments édilitaires.