Moncourt-Fromonville est à l’origine une paroisse constituée de quatre fiefs seigneuriaux : Fromonville, Moncourt, ou Maucourt, évolution de la première forme de Moorcort : « de l’enclos du marais nommé », Pleignes ou Plaines, aujourd’hui partiellement rattaché à la Genevraye, et Darvault, à l’origine Darveia, qui s’est séparé de Moncourt-Fromonville voici plus d’un siècle.
Ces fiefs sont issus du Prieuré de Néronville institué vers 1080 par Dimon, descendant des seigneurs de Melun. Par le jeu des alliances et héritages successifs, les fiefs de Fromonville et Moncourt ont été réunis en 1255 par le mariage de Marie de Faÿ-lès-Nemours avec Laurent de Moncourt.

Plusieurs familles se sont succédées jusqu’au XVe siècle : les Bullican, notamment Étienne Bullican qui fut bienfaiteur de l’église de Fromonville, les Moucourt, les Trumel (Étienne Trumel, mort en 1380, faisait partie des milices de Duguesclin), les Amer, les Sailly (Germain de Sailly fit ériger le clocher de l’église).
Ces familles nobles ont fait place par la suite à des représentants des grandes institutions et à des serviteurs du roi : les Chapotin, qui firent ériger au XVIIe siècle le château et son parc, la Maréchale de Richelieu, née Jeanne de Lavaux, veuve du Duc de Richelieu, Châtelaine de Moncourt (Elle est décé​dée en 1815. Sa pierre tom​bale est située contre le mur Sud du chœur de l’église), les Richemond, qui firent reconstruire le château.

source : Les Amis du Patrimoine de Moncourt-Fromonville.

L'église est le seul vestige du moyen age de la commune (avec ceux du chateau de Pleignes). Elle a été fondée vers 1130 sous le règne de Louis VI après la période de troubles qui a suivi l'annexion du Gâtinais à la couronne de France. C'était d'abord une bâtisse rectangulaire exigüe où l'on pénétrait par une porte basse.
Matthieu de Nonville, seigneur du fief de Darvault, songea le premier à faire ériger une église sur ses terres. Suite aux démélés qu'il avait eu avec les moines de l'abbaye de Néronville (près de Chateau-Landon), un arrangement fut trouvé. C'est ainsi que l'église fut bâtie sur la limite des fiefs de Darvault et de Fromonville, ce qui explique sa situation géographique en marge du village.

En 1538, Germain de Sailly, alors seigneur des trois fiefs de Fromonville, Montcourt et Pleignes, ajouta une aile nord-sud, la chapelle seigneuriale, puis en 1543, il fit construire le clocher dans son prolongement.